L’IEPS est l’un des 11 facultés et Instituts de l’Université du Burundi. Il a pour mission l’enseignement et la recherche en Sciences et Techniques des Activités Physiques, Sportives et Socio Educatives (STAPS / STASE). L’année académique 1968-1969 a vu naître une formation pluridisciplinaire «Chimie-Biologie-EPS» en 3 ans pour professeurs du 1er cycle de l’Enseignement Secondaire [Cadre de formation : Ecole Normale Supérieure (ENS)]
Au cours de l’année académique 1971-1972, il y a eu réduction du nombre de disciplines à deux : la section « Biologie-EPS ».
En octobre 1973, la Coopération Française accepte d’étudier les modalités d’une nouvelle formation plus adaptée aux besoins. A cet effet, 4 ressortissants français (Mme et M. RAT Lydie et Jean François, Messieurs BOUTONNET René et GAUGRIS Yves, enseignants d’EPS qui étaient affectés dans les établissements secondaires au Burundi) et NYENIMIGABO Jean-Jacques (un Burundais qui rentrait de France, à l’issue de sa formation en Professorat d’EPS) sont nommés à l’ENS.
En Septembre 1974, la formation sur 3 ans cesse et il y a ouverture de la première année d’un cursus de 4 ans menant au grade de Licencié en EPS pour enseigner au 2ème cycle du Secondaire.
Avec la rentrée 1977-1978, l’E.N.S. fusionne avec l’Université Officielle du Burundi pour donner l’Université du Burundi, constituée de facultés et d’instituts autonomes, avec un Doyen à la tête.
Initialement installé au campus KAMENGE (ancienne E.N.S.), c’est en 1985-1986 que l’I.E.P.S. a déménagé pour s’installer au « Campus Kiriri » (ancien Collège du Saint Esprit). Il partage ledit site avec la Faculté des Sciences de l’Ingénieur (FSI).